指紋刷卡考勤機雖然可以避免帶打卡的現象，可以有效監督員工考勤，但還是有很多弊端的:
1、 指紋考勤系統適宜的使用單位界定在：考勤人數少、且環境好的單位，比如政府機關，或100人以下且環境好的企事業單位，不然使用起來很勉強和難受，或起不到考勤的作用而廢棄，特別是對于人數較多的企業，上下班打指紋容易造成門口堵塞。
2、 指紋識別技術目前對于：手指臟了、手指濕了、手指太干、手指脫皮（包括季節性脫皮）、手指破了……等等情況，都不能正常識別，而只能靠在考勤機鍵盤上按密碼的方式代替考勤識別簽到
3、指紋刷卡考勤機是必須手指按到考勤機上的，這種接觸也容易傳播傳染病。
4、大部分人打指紋都是正常的，但總有個別人打指紋經常打不上，導致這些員工覺得沒有得到公平待遇。(個別人可以用密碼來代替打指紋)
5、指紋是公安人員偵破案件時重要的現場證據，是追捕疑犯的重要線索。用戶在網上購買指紋套，這也就意味著要將自己的指紋提供給賣家。如果別有用心的人在作案時利用了某人的指紋，該人很有可能首先成為犯罪嫌疑人而進入公安人員的視野。即使經過調查解除嫌疑，也會給本人帶來許多不必要的麻煩，并且會延長公安機關偵破案件的時間，為公安機關帶來人力、物力的浪費。同時，隨著指紋識別技術的應用越來越普遍，今后指紋識別技術還有可能應用在社保卡、銀行卡、指紋門鎖等其他領域，因此指紋信息外泄，就意味著將身份信息外泄，如同將身份證借給他人，非常危險。
